Определение точной даты первоначального строительства Партенитской базилики в настоящее время вряд ли возможно. Это обусловлено, как длительным функционированием и многократными перестройками самого храма, так и практическим игнорированием археологического материала в ходе самых масштабных раскопок в 1907 г. Тем не менее, как представляется, вполне допустимо задать примерные хронологические рамки этого строительства. Нижняя граница определяется временем появления эмпория Партениты. Согласно Житию Иоанна Готского, он являлся уроженцем этого места, вероятно уже во втором поколении, т. к. сюда переехал из Полемониева Понта его дед. В. Г.Васильевский, которому нужно песчаник купить Москва, относит это событие к началу VIII в.. Следовательно, к этому времени торжище уже существовало. Это подтверждается и результатами археологических исследований жилой застройки на территории древних Партенит. Самые ранние комплексы, выявленные здесь, Е. А. Паршина на основании керамического материала датирует VII—VIII вв., не исключая даже конец VI в.. В 1905 г. при перекопке виноградника около места развалин Партенитской базилики были обнаружены шесть моливдовулов. По уточненной атрибуции, проведенной Н. А. Алексеенко по публикации Б. Панченко, две печати с крестообразными монограммами принадлежат VII—VIII вв..
Учитывая приведенные выше свидетельства херсонесского влияния, вполне естественно предположить, что первоначальное строительство Партенитской базилики могло проводиться под патронатом Херсонской епархии. Территориально Партенит входил в т. н. область Дори, простиравшуюся от Алустона до устья реки Черной. В церковноадминистративном отношении эта область находилась в ведении Херсонской церкви, что подтверждает подпись Георгия, епископа Xepacovoq Xr\q Aopavtoq, под деяниями Трулльского собора в 692 г.. Таким образом, вплоть до образования самостоятельной Готской епархии, которое относится ко времени до иконоборческого собора 754 г., т. е. к первой половине VIII в., куратором и, вероятно, организатором культового строительства в области Дори являлся епископ Херсона. Согласно правилам IV Вселенского Халкидонского собора 451 г., которые были подтверждены правилом № 49 Трулльского собора 692 г., основание монастырей могло происходить только с разрешения местного епископа, в подчинении которого находились и все монашествующие. Не исключено, что историческим отголоском зависимости южнобережной территории от Херсонской епархии в ранневизантийский период может являться спор, разгоревшийся в конце XIV в. между митрополитами Херсонским, с одной стороны, и Готским и Сугдейским, с другой, за владение рядом приморских местностей, среди которых был и Партенит.